Тус музей нь байгуулагдсан цагаасаа хойш гадаад хамтын ажиллагаандаа ихээхэн анхаарч 10 гаруй орны 20 гаруй музейнүүдтэй хамтын ажиллагааны гэрээ байгуулан томоохон төсөл хөтөлбөр, хамтарсан үзэсгэлэн зохион байгуулаад байна.

Соёлын яамны дэмжлэгээр Чингис хаан Үндэсний музейд хэрэгжиж буй Дэлхийд тархсан монгол өв 11 боть бүтээлийг Узбекистан улсын Ерөнхийлөгчид Монгол Улсын Ерөнхийлөгч У. Хүрэлсүх айлчлалын үеэр бэлэг болгон барьлаа. Дээрх төрлийн төслийг дэлхийд Монгол улс, Узбекистан хоёр улс л хэрэгжүүлээд буй.